不動産売却にかかる税金と計算方法！節税のコツや期間延長の可否について解説

「親から不動産を相続したが、管理が大変なので売却したい」

「不動産を売却する際にかかる税金はどのくらいか知りたい」

上記のような悩みをお持ちの方に向けて、不動産売却にかかる税金と計算方法を解説します。

記事の後半からは節税のポイントや、納税期限の延長や遅れたらどうなるのか解説するので、確認しておきましょう。

1.不動産売却でかかる税金は5種類

不動産売却でかかる税金は以下の5種類です。

・所得税（復興特別所得税）
・住民税
・印紙税
・登録免許税
・消費税

不動産を売却して利益が生じた際は、譲渡所得税がかかり、所得分に応じて復興特別所得税、住民税がかかります。

1-1.所得税・復興特別所得税・住民税

不動産の売却によって利益が生じると所得税が課税され、この税金を「譲渡所得税」といいます。

さらに所得金額に応じて復興特別所得税、住民税が課税されるため、これら3つの税金は密接に関係しています。それぞれの税率を以下にまとめました。

所有期間が5年以内の場合、税率が高くなります。

参考：国税庁「No.3208 長期譲渡所得の税額の計算」
参考：国税庁「No.3211 短期譲渡所得の税額の計算」

1-2. 印紙税

印紙税は不動産の売買契約書などの「課税文書」を作成する際にかかる税金です。

書面に収入印紙を貼るだけでは納税したことにはならず、消印を押されてはじめて納税したことになります。

納める税金は契約金額によって異なり、契約金額が大きくなるほど、納税額は高くなります。

以下の表にまとめたので、ぜひ参考にしてください。

なお、令和9年3月31日までは軽減税率が適用され、通常の納税額の半分の納税額で済みます（契約金額が1億円を超える場合を除く）。

参考：国税庁「印紙税額の一覧表（その1）第1号文書から第4号文書まで」

参考：国税庁：『「不動産譲渡契約書」及び「建設工事請負契約書」の印紙税の軽減措置の延長について』

1-3. 登録免許税

登録免許税は、抵当権のついたマイホームを売却する際に課税されます。

抵当権とは、銀行をはじめとする金融機関がお金を貸すための担保を家にする場合に必要な権利のことです。

抵当権を外すために抹消登記を行う必要があり、登録免許税が求められます。

ただし、土地と建物それぞれの個数×1,000円という控えめな課税金額なので、そこまで不安に感じる必要はありません。

例えば一戸建てを売却する場合は、土地と建物に1,000円ずつで2,000円の課税となります。

なお、不動産を売却して所有者を変更する際にも登録免許税がかかりますが、売り手ではなく買い手の負担になるのが一般的です。

1-4. 消費税

不動産の売却に伴う仲介手数料や司法書士報酬に対する消費税も課税されます。

不動産売却は税金の計算や特例の適用条件、契約書の作成が複雑であるため、自分だけで全ての手続きを担うのは厳しく、不動産業者や司法書士に依頼するのが一般的です。

売却額が5,000万円、手数料が3%の場合、150万円は手数料になります。

手数料150万円の10%を消費税換算すると、15万円は消費税になる計算です。

2.不動産売却で生じる「譲渡所得税・住民税」の計算方法

不動産売却で生じる「譲渡所得税・復興特別所得税・住民税」はどうやって求めるのか、計算式を解説します。

なお、ここでは減価償却は考慮せず、後ほど詳しく解説するので、そちらもご覧ください。

2-1. 基本的な計算式

諸費用とは仲介手数料や印紙代、登録免許税などを指します。

税率は前述の通り、所有期間によって左右されます。

下記の条件で計算してみましょう。

・売却価格：5,000万円
・購入金額：4,000万円
・諸費用：200万円
・所有期間：6年

 2-2. 3,000万円の特別控除を利用する場合の計算式

マイホームを売却する場合、所有期間に関係なく3,000万円の特別控除を受けられます。

計算の結果、マイナスの値になった場合は課税金額は0円となります。

特別控除を含めた計算式は以下の通りです。

下記の条件で計算してみましょう。

・売却価格：5,000万円
・購入金額：4,000万円
・諸費用：200万円
・特別控除：3,000万円
・所有期間：6年

2-3.税率の一覧表

所得税や復興特別所得税、住民税の計算を行う際に覚えておきたい税率を表にまとめました。

3.減価償却を理解しよう

不動産を売却する際、減価償却を正しく理解しておきましょう。

建物は築年数によって価値が減少していくため、購入価格から減少した分の金額が差し引かれます。

減価償却費を考慮しないと不動産売却時の計算に大きなズレが生じるので注意が必要です。

3-1.不動産売却における減価償却とは

不動産売却における減価償却とは、所有期間中に物件の価値が減少するという考え方です。

そもそも減価償却は、建物や自動車などの”物”の価値に対して使われる言葉であり、土地には適用されません。

3-2.減価償却の計算方法

減価償却費は以下の計算式で求められます。

償却率は建物の構造によって決まるもので、以下のように定められています。

以下の前提で償却率を計算してみましょう。

・売却価格：5,000万円
・購入金額：4,000万円
・諸費用：500万円
・構造：木造（償却率0.031）
・所有期間：6年

なお、譲渡所得税を求める際、本来の購入金額は減価償却費を差し引いたものになります。

4.不動産売却時に生じる税金をケース別にシミュレーション

不動産売却時に生じる税金を、ケース別にシミュレーションしてみましょう。

4-1. 土地を売却する場合

土地を売却する場合のシミュレーションをしてみましょう。ここでは減価償却率は考慮されません。

4-1-1. 3,000万円で購入した土地を2,000万円で売却

土地の購入価格よりも売却価格が少ない場合です。

所有期間が5年を超えているので、税率は20.315％になります。

・売却価格：2,000万円
・購入金額：3,000万円
・諸費用：400万円
・所有期間：6年

4-1-2. 3,000万円で購入した土地を4,000万円で売却

土地の購入金額よりも売却価格が大きい場合です。

所有期間が5年以内なので、税率は39.63%になります。

・売却価格：4,000万円
・購入金額：3,000万円
・諸費用：400万円
・所有期間：3年

4-2. 建物を売却する場合

建物を売却する場合のシミュレーションをしてみましょう。ここでは、償却率と3,000万円の特別控除も計算に含めます。

4-2-1. 2,000万円で購入した物件を1,000万円で売却

物件の購入金額よりも売却価格が少ない場合です。

所有期間が5年を超えているので、税率は20.315％になります。

減価償却費は木造住宅（6年）なので、334.8万円となる計算です。

・売却価格：1,000万円
・購入金額：2,000万円
・減価償却費：334.8万円（木造）
・諸費用：400万円
・特別控除：3,000万円
・所有期間：6年

4-2-2. 2,000万円で購入した物件を3,000万円で売却

物件の購入金額よりも売却価格が大きい場合です。

所有期間が5年以内なので、税率は39.63%になります。

減価償却費は木造住宅（3年）なので、167.4万円となる計算です。

・売却価格：3,000万円
・購入金額：2,000万円
・償却費：167.4万円（木造）
・諸費用：400万円
・所有期間：3年

4-3.購入額不明のマイホームを2,000万円で売却する場合

購入額不明の場合は、売却費用の5%を購入費用として計算されます。

売却価格2,000万円の場合は、5%の100万円が購入金額です。

所有期間が5年以内なので、税率は39.63%になります。

減価償却費は木造住宅（3年）なので、167.4万円となる計算です。

・売却価格：2,000万円
・購入金額：不明（100万円として計算）
・償却費：167.4万円（木造）
・諸費用：400万円
・所有期間：3年

5.不動産売却で利益が出た時に使える節税制度5選

ここからは、不動産売却で利益が生じた際に使える節税制度を5つ紹介します。

5-1.【所有期間関係なし】3,000万円の特別控除

マイホームを売却する際、一定の条件を満たせば売却益から最大3,000万円の控除を受けられます。

所有期間は問われないため、比較的適用されやすい特例です。

参考：国税庁「No.3302 マイホームを売ったときの特例」

5-2.10年超所有するマイホームを売るなら軽減税率の特例

所有期間10年超のマイホームを売却する場合、一定の要件を満たすと、軽減税率が適用されます。

控除額は課税金額の10%で、6,000万円を超える場合は、超過分の15%に600万円を加えた額になります。

例えば課税金額が5,000万円の場合は500万円、7,000万円の場合は750万円が控除される計算です。

前述の「3,000万円の特別控除」と重ねて適用されるので、多額の控除を受けられます。

参考：国税庁「No.3305 マイホームを売ったときの軽減税率の特例」

5-3.10年以上所有するマイホームを買換える際の課税特例

10年以上所有しているマイホームを買い替える際、一定の条件を満たすと課税を将来に繰延られます。

ただし、非課税になるわけではないので、いつか支払わなければなりません。

参考：国税庁「No.3355 特定のマイホームを買い換えたときの特例」

5-4.相続されたマイホームを売却する際に適用される特例

亡くなった方からマイホームを相続で取得して、令和9年（2027年）12月31日までに売却した場合、売却益から3,000万円まで控除可能です。

ただし、一定の要件を満たす必要があり、マンションには適用されません。

参考：国税庁「No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例」

5-5.相続税の一部を取得費用に加算できる特例

相続または遺贈によって土地や建物を取得して一定期間内に譲渡した場合、相続税額のうち一定金額を譲渡資産の取得費に加算できます。

参考：国税庁「No.3267 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例」

6.不動産売却で損失が生じた時に使える節税制度2選

不動産売却で損失が生じた時にも使える節税制度がありますので、2つ紹介していきます。

6-1.マイホームの買換えで損失が出た時の特例

マイホームを2023年12月31日までに売却して、新しくマイホームを購入した場合に使える特例です。

旧マイホームの譲渡によって損失が生じたときは、一定の要件を満たすものに限って、その年の給与所得や事業所得など他の所得から控除できます。

さらに、損益通算で控除しきれなかった譲渡損失は、譲渡の年の翌年以後3年内に繰り越して控除できるのがメリットです。

これらの特例を、「マイホームを買い換えた場合の譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例」と呼びます。

参考：国税庁「No.3370 マイホームを買い換えた場合に譲渡損失が生じたとき(マイホームを買い換えた場合の譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例)」

6-2.住宅ローンが残ったマイホームを売却する際の特例

2023年12月31日までに住宅ローンのあるマイホームを売却して、ローン残高を下回る金額になり損失が生じたときに適用できます。

一定の要件を満たすものに限りますが、損失をその年の給与所得や事業所得など他の所得から控除できます。

こちらも損益通算で控除しきれなかった損失は、譲渡の年の翌年以後、3年間繰り越して控除できる点がメリットです。

これらの特例を、「特定のマイホームの譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例」と呼びます。

参考：国税庁「No.3390 住宅ローンが残っているマイホームを売却して譲渡損失が生じたとき（特定のマイホームの譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例）」

7.【少しでもお得に】節税の3つのポイント

せっかく不動産売却で利益を得たのであれば、節税して少しでも多く手元に残しておきたいものです。

ここでは、利益を少しでも残しておくための3つのポイントを紹介します。

・可能な限り節税制度を活用する
・購入金額がわかる書類を探しておく
・売却のタイミングを見計らう

7-1.可能な限り節税制度を活用する

これまで説明してきた3,000万円の特別控除やマイホーム売却時の軽減税率の特例など、使える節税制度はとことん活用しましょう。

節税制度は適用条件が複雑なので、自分が当てはまるのかわからない場合は、専門知識を有する不動産会社を頼るのがおすすめです。

7-2.購入金額がわかる書類を探しておく

購入金額不明の不動産を売却する場合、多額の税金が発生してしまうため、購入金額がわかる書類を探しておくのが重要です。

不動産の購入金額が不明な場合、売却額の5%が購入金額になります。95%が所得になるので、課税金額もその分増えてしまうのです。

例えば5年以上所有していた物件で、購入金額（取得金額）がわかる場合と不明な場合で、下記のような差が生じてしまいます。

7-3.売却のタイミングを見計らう

手元に残るお金を少しでも増やすには、売却タイミングを見計らうのが重要です。

以下の3つのポイントを意識しましょう。

・各種特例の売却期限
・所有期間
・直近の不動産市況

7–3-1.各種特例を適用するには売却期限に注意

各種特例には適用できる期間が定められています。例えば、3,000万円の特別控除は、

「住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売ること」と売却期限が決められています。

参考：国税庁「No.3302 マイホームを売ったときの特例」

7–3-2.所有期間が5年を超えると税率が下がる

もし売却益が出そうな場合は、所有期間が5年を超えたタイミングで売却するのがおすすめです。

所有期間5年以下だと譲渡所得税の税率は39.63％、5年を超えると20.315％となり、大幅に下がります。

ただし、売却のタイミングを遅らせる場合は、前述の各種特例の適用期限を切らさないよう注意しましょう。

7–3-3.直近の不動産市況を確認しておく

近年都市部を中心に土地やマンションの高騰が続いています。

購入金額よりも高い金額で売却できる可能性がありますが、今後いつ価格が下落するかわかりません。

ただし所有期間5年以内に売却すると税率が高くなるので、いつ売却すべきかタイミングに悩んだ際は不動産業者に相談するのがおすすめです。

8.不動産売却で生じる税金はいつ払う？納付時期と納付方法

不動産売却で生じる税金はいつまでに払えば良いのでしょうか？

納付期限と納付方法について、以下の表にまとめました。

参考：国税庁「譲渡所得の申告期限」

9.税金の支払いが遅れたらどうなる？期限延長はできる？

「うっかり税金を払い忘れてしまった」

「納付期限は延長できない？」

といった悩み・不安をお持ちの方は多いのではないでしょうか？

ここでは、税金の支払いが遅れた時に何が起こるのか、納付期限延長の可否についてまとめました。

参考：国税庁「確定申告を忘れたとき」

国税庁「印紙を貼り付けなかった場合の過怠税」

10.まとめ

不動産売却時に生じる税金は、譲渡所得税や住民税、印紙税、登録免許税、手数料の消費税など多岐に渡ります。

しかし、各種特例を適用することで多額の控除を受けられるので、課税されないケースも多くあります。

特例の適用条件や税金の計算は複雑なので、不動産業者に依頼するのがおすすめです。

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